- Endococcus ahlesianus
- Endococcus apiciicola
- Endococcus brachysporus
- Endococcus exerrans
- Endococcus fusiger
- Endococcus haplosporus
- Endococcus haplotellus
- Endococcus macrosporus
- Endococcus nanellus
- Endococcus opulentus
- Endococcus propinquus
- Endococcus protoblasteniae
- Endococcus ramalinarius
- Endococcus rugulosus
- Endococcus sphinctrinoides
- Endococcus stigma
- Endococcus thamnoliae
- Endococcus thelommatis
- Endococcus tricolorans
- Endococcus verrucosus