- Cryptothecia albomaculata
- Cryptothecia aleurinoides
- Cryptothecia anamalaiensis
- Cryptothecia assimilis
- Cryptothecia atropunctata
- Cryptothecia bambusae
- Cryptothecia bartlettii
- Cryptothecia candida
- Cryptothecia chloroleuca
- Cryptothecia culbersoniae
- Cryptothecia dispersa
- Cryptothecia dissimilis
- Cryptothecia effusa
- Cryptothecia eungellae
- Cryptothecia evergladensis
- Cryptothecia exilis
- Cryptothecia faveolata
- Cryptothecia faveomaculata
- Cryptothecia foliiconfluentica
- Cryptothecia inexpectata
- Cryptothecia inexspectata
- Cryptothecia irregularis
- Cryptothecia lunulata
- Cryptothecia macrospora
- Cryptothecia malmei
- Cryptothecia methylmicrophyllinica
- Cryptothecia methylmicrophyllinum
- Cryptothecia miniata
- Cryptothecia minipsoromica
- Cryptothecia nigeriensis
- Cryptothecia nilghiriensis
- Cryptothecia obtecta
- Cryptothecia pertusarioides
- Cryptothecia phlyctidioides
- Cryptothecia polymorpha
- Cryptothecia porosa
- Cryptothecia punctosorediata
- Cryptothecia punctulata
- Cryptothecia scripta
- Cryptothecia stirtonii
- Cryptothecia striata
- Cryptothecia subnidulans
- Cryptothecia subtecta
- Cryptothecia thoroldii
- Cryptothecia verruciminuta