- Scytonema alatum
- Scytonema allochroum
- Scytonema ambiguum
- Scytonema arcangelii
- Scytonema atrovirens
- Scytonema austinii
- Scytonema azureum
- Scytonema badium
- Scytonema brandegeei
- Scytonema burdigalense
- Scytonema burmanicum
- Scytonema caldarium
- Scytonema calothrichoides
- Scytonema capitatum
- Scytonema catenulum
- Scytonema coactile
- Scytonema conchophilum
- Scytonema cookei
- Scytonema cortex
- Scytonema crassum
- Scytonema crispum
- Scytonema crustaceum
- Scytonema dubium
- Scytonema evanescens
- Scytonema fritschii
- Scytonema fuliginosum
- Scytonema fuscum
- Scytonema gracile
- Scytonema gracillimum
- Scytonema granulatum
- Scytonema guyanense
- Scytonema hansgirgianum
- Scytonema hawaiianum
- Scytonema hofmannii
- Scytonema hyalinum
- Scytonema incrustans
- Scytonema insigne
- Scytonema intextum
- Scytonema javanicum
- Scytonema julianum
- Scytonema junipericola
- Scytonema keiense
- Scytonema kuetzingianum
- Scytonema kurzianum
- Scytonema lyngbyoides
- Scytonema magnum
- Scytonema millei
- Scytonema milleri
- Scytonema minutum
- Scytonema mirabile
- Scytonema multiramosum
- Scytonema myochrous
- Scytonema obscurum
- Scytonema ocellatum
- Scytonema parlatorei
- Scytonema peguanum
- Scytonema pellucidum
- Scytonema polycystum
- Scytonema polymorphum
- Scytonema praegnans
- Scytonema pulchellum
- Scytonema punctatum
- Scytonema rivulare
- Scytonema saleyeriense
- Scytonema salinum
- Scytonema salisburgense
- Scytonema sanguineum
- Scytonema schmidtii
- Scytonema spirulinoides
- Scytonema steindachneri
- Scytonema stuposum
- Scytonema subgelatinosum
- Scytonema tectorum
- Scytonema tenue
- Scytonema tenuissimum
- Scytonema thermale
- Scytonema tolypothrichoides
- Scytonema truncicola
- Scytonema varium
- Scytonema welwitschii