- Cylindrospermum caeruleum
- Cylindrospermum catenatum
- Cylindrospermum echigoense
- Cylindrospermum felisii
- Cylindrospermum gloeotrichiodes
- Cylindrospermum kirchnerianum
- Cylindrospermum licheniforme
- Cylindrospermum maius
- Cylindrospermum majus
- Cylindrospermum marchicum
- Cylindrospermum minutissimum
- Cylindrospermum muscicola
- Cylindrospermum musciola
- Cylindrospermum phaeospermum
- Cylindrospermum stagnale