- Gloeocapsa alpicola
- Gloeocapsa alpina
- Gloeocapsa ambigua
- Gloeocapsa arenaria
- Gloeocapsa atrata
- Gloeocapsa aurata
- Gloeocapsa bahamensis
- Gloeocapsa calcarea
- Gloeocapsa cartilaginea
- Gloeocapsa compacta
- Gloeocapsa coracina
- Gloeocapsa crepidinum
- Gloeocapsa dermochroa
- Gloeocapsa deusta
- Gloeocapsa dubia
- Gloeocapsa dvorakii
- Gloeocapsa gigas
- Gloeocapsa granosa
- Gloeocapsa haematodes
- Gloeocapsa incrustata
- Gloeocapsa kuetzingiana
- Gloeocapsa kutzingiana
- Gloeocapsa magma
- Gloeocapsa montana
- Gloeocapsa multisphaerica
- Gloeocapsa nigra
- Gloeocapsa nigrescens
- Gloeocapsa opaca
- Gloeocapsa ovalis
- Gloeocapsa palmelloides
- Gloeocapsa peniocystis
- Gloeocapsa pleurocapsoides
- Gloeocapsa polydermatica
- Gloeocapsa purpurea
- Gloeocapsa quarternata
- Gloeocapsa quaternata
- Gloeocapsa reicheltii
- Gloeocapsa rupestris
- Gloeocapsa salina
- Gloeocapsa sanguinea
- Gloeocapsa saxicola
- Gloeocapsa sphaerica
- Gloeocapsa squamulosa
- Gloeocapsa stegophila
- Gloeocapsa tropica
- Gloeocapsa violacea
- Gloeocapsa zostericola