- Capillaria aerophila
- Capillaria americana
- Capillaria anatis
- Capillaria anthracocerosi
- Capillaria arctoides
- Capillaria bisonis
- Capillaria blarinae
- Capillaria bonnevillei
- Capillaria brevipes
- Capillaria carbonis
- Capillaria carcharhini
- Capillaria catenata
- Capillaria catostomi
- Capillaria chandleri
- Capillaria collaris
- Capillaria colubra
- Capillaria columbae
- Capillaria cyprinodonticola
- Capillaria didelphis
- Capillaria exigua
- Capillaria forresteri
- Capillaria freitasi
- Capillaria fulicae
- Capillaria gracilis
- Capillaria herodiae
- Capillaria jamaicanensis
- Capillaria javanensis
- Capillaria longipes
- Capillaria longistriata
- Capillaria madseni
- Capillaria malayensis
- Capillaria maseri
- Capillaria nyrocinarum
- Capillaria okapi
- Capillaria parusi
- Capillaria philippinensis
- Capillaria phyllonicteri
- Capillaria pitti
- Capillaria procyonis
- Capillaria pterophylli
- Capillaria quiscali
- Capillaria rauschi
- Capillaria serpentina
- Capillaria skrjabini
- Capillaria spinulosa
- Capillaria tamias-striati
- Capillaria tenuissima
- Capillaria traverae
- Capillaria tridens
- Capillaria wickinsi
- Capillaria xenopi