- Microdesmus affinis
- Microdesmus bahianus
- Microdesmus carri
- Microdesmus dipus
- Microdesmus dorsipunctatus
- Microdesmus hildebrandi
- Microdesmus intermedius
- Microdesmus knappi
- Microdesmus lanceolatus
- Microdesmus longipinnis
- Microdesmus luscus
- Microdesmus multiradiatus
- Microdesmus reidi
- Microdesmus retropinnis
- Microdesmus suttkusi