- Microgobius brevispinis
- Microgobius carri
- Microgobius crocatus
- Microgobius curtus
- Microgobius cyclolepis
- Microgobius emblematicus
- Microgobius erectus
- Microgobius gulosus
- Microgobius lacustris
- Microgobius meeki
- Microgobius microlepis
- Microgobius miraflorensis
- Microgobius omostigma
- Microgobius signatus
- Microgobius tabogensis
- Microgobius thalassinus