- Pontonia anachoreta
- Pontonia ardeae
- Pontonia ascidicola
- Pontonia californiensis
- Pontonia chimaera
- Pontonia domestica
- Pontonia flavomaculata
- Pontonia grayi
- Pontonia hurii
- Pontonia katoi
- Pontonia manningi
- Pontonia margarita
- Pontonia medipacifica
- Pontonia mexicana
- Pontonia miserabilis
- Pontonia okai
- Pontonia panamica
- Pontonia pilosa
- Pontonia pinnae
- Pontonia pinnophylax
- Pontonia pusilla
- Pontonia quasipusilla
- Pontonia sibogae
- Pontonia simplex
- Pontonia stylirostris