- Niphargus aquilex
- Niphargus balcanicus
- Niphargus boulangei
- Niphargus boulangerie
- Niphargus caspary
- Niphargus corsicanus
- Niphargus dancaui
- Niphargus delamarei
- Niphargus dimorphopus
- Niphargus dolenianensis
- Niphargus elegans
- Niphargus fontanus
- Niphargus foreli
- Niphargus gineti
- Niphargus hercegovinensis
- Niphargus hockianus
- Niphargus inopinatus
- Niphargus irlandicus
- Niphargus kochianus
- Niphargus kolombatovici
- Niphargus ladmiraulti
- Niphargus leopoliensis
- Niphargus longicaudatus
- Niphargus macedonicus
- Niphargus ohridanus
- Niphargus orcinus
- Niphargus pachypus
- Niphargus pancici
- Niphargus pasquinii
- Niphargus philippensis
- Niphargus plateaui
- Niphargus puteanus
- Niphargus rhenorhodanensis
- Niphargus robustus
- Niphargus schellenbergi
- Niphargus spoeckeri
- Niphargus strouhali
- Niphargus stygius
- Niphargus tatrensis
- Niphargus thuringius
- Niphargus valachicus
- Niphargus virei