- Melanagromyza acaciae
- Melanagromyza actaeae
- Melanagromyza aenea
- Melanagromyza aeneoventris
- Melanagromyza alaskae
- Melanagromyza albihalterata
- Melanagromyza albisquama
- Melanagromyza albocilia
- Melanagromyza alternantherae
- Melanagromyza angelicae
- Melanagromyza angeliciphaga
- Melanagromyza angolae
- Melanagromyza annae
- Melanagromyza apii
- Melanagromyza argentea
- Melanagromyza arnicarum
- Melanagromyza artemisiae
- Melanagromyza asteracanthae
- Melanagromyza astragali
- Melanagromyza avicenniae
- Melanagromyza azawii
- Melanagromyza baiyerensis
- Melanagromyza bidenticola
- Melanagromyza bidentis
- Melanagromyza bispinosa
- Melanagromyza bonavistae
- Melanagromyza bryani
- Melanagromyza buccalis
- Melanagromyza bulbifrons
- Melanagromyza burgessi
- Melanagromyza caerulea
- Melanagromyza candidipennis
- Melanagromyza caracasensis
- Melanagromyza chaerophylli
- Melanagromyza chalcosoma
- Melanagromyza chaptaliae
- Melanagromyza chenopodii
- Melanagromyza chillcottiana
- Melanagromyza chitariensis
- Melanagromyza cirsiophila
- Melanagromyza cleomae
- Melanagromyza colombiensis
- Melanagromyza compositana
- Melanagromyza compositoides
- Melanagromyza consuelta
- Melanagromyza consummata
- Melanagromyza cordiophoeta
- Melanagromyza corralensis
- Melanagromyza cotyledonus
- Melanagromyza crassocephali
- Melanagromyza crotalariae
- Melanagromyza crotalariana
- Melanagromyza crotonis
- Melanagromyza cunctanoides
- Melanagromyza cunctans
- Melanagromyza cuscutae
- Melanagromyza cussoniae
- Melanagromyza cyrtorchidis
- Melanagromyza dakarensis
- Melanagromyza declinata
- Melanagromyza delectabilis
- Melanagromyza dettmeri
- Melanagromyza diantherae
- Melanagromyza dictami
- Melanagromyza dipodii
- Melanagromyza disparilis
- Melanagromyza distincta
- Melanagromyza dolichostigma
- Melanagromyza elgonensis
- Melanagromyza elongata
- Melanagromyza erawanensis
- Melanagromyza erechtitidis
- Melanagromyza erigeronis
- Melanagromyza eriolepidis
- Melanagromyza eupatoriella
- Melanagromyza eupatorii
- Melanagromyza evechtitilis
- Melanagromyza fabae
- Melanagromyza ferulae
- Melanagromyza fijiana
- Melanagromyza floridensis
- Melanagromyza floris
- Melanagromyza foeniculi
- Melanagromyza frigida
- Melanagromyza frontata
- Melanagromyza funebris
- Melanagromyza galactoptera
- Melanagromyza geminata
- Melanagromyza genata
- Melanagromyza generosa
- Melanagromyza gerberae
- Melanagromyza gerberivora
- Melanagromyza ghanensis
- Melanagromyza gibsoni
- Melanagromyza gnaphalii
- Melanagromyza gracilis
- Melanagromyza gressitti
- Melanagromyza gynurae
- Melanagromyza halterella
- Melanagromyza heatoni
- Melanagromyza heliotropii
- Melanagromyza hermani
- Melanagromyza hibisci
- Melanagromyza hicksi
- Melanagromyza inornata
- Melanagromyza insignita
- Melanagromyza inthanonensis
- Melanagromyza inulivora
- Melanagromyza ipomoaevora
- Melanagromyza kenyensis
- Melanagromyza lacustris
- Melanagromyza laetifica
- Melanagromyza lappae
- Melanagromyza leonotidis
- Melanagromyza libratifera
- Melanagromyza limariensis
- Melanagromyza limata
- Melanagromyza lindneri
- Melanagromyza lini
- Melanagromyza lividula
- Melanagromyza malayensis
- Melanagromyza malevola
- Melanagromyza mallochi
- Melanagromyza marellii
- Melanagromyza marinensis
- Melanagromyza martini
- Melanagromyza matricarioides
- Melanagromyza mayi
- Melanagromyza memoranda
- Melanagromyza meracula
- Melanagromyza metallica
- Melanagromyza micans
- Melanagromyza minima
- Melanagromyza minimoides
- Melanagromyza miranda
- Melanagromyza mirandensis
- Melanagromyza mixta
- Melanagromyza modesta
- Melanagromyza muguensis
- Melanagromyza nairobensis
- Melanagromyza natalensis
- Melanagromyza neotropica
- Melanagromyza nibletti
- Melanagromyza nicolaudis
- Melanagromyza nigrimaculata
- Melanagromyza nobilis
- Melanagromyza normalis
- Melanagromyza nudifolii
- Melanagromyza obscura
- Melanagromyza obtusa
- Melanagromyza occidentalis
- Melanagromyza ochrasquamata
- Melanagromyza oculata
- Melanagromyza oligophaga
- Melanagromyza papuensis
- Melanagromyza pasiae
- Melanagromyza pasiensis
- Melanagromyza pavida
- Melanagromyza peremnis
- Melanagromyza phaseolivora
- Melanagromyza polymniae
- Melanagromyza praeclara
- Melanagromyza principensis
- Melanagromyza proboscidata
- Melanagromyza proclinata
- Melanagromyza provecta
- Melanagromyza pseudograta
- Melanagromyza pseudometallica
- Melanagromyza pubescens
- Melanagromyza pubescentis
- Melanagromyza pubiseta
- Melanagromyza purpurea
- Melanagromyza quadrisetosa
- Melanagromyza regalis
- Melanagromyza remota
- Melanagromyza ricini
- Melanagromyza riparella
- Melanagromyza rohdendorfi
- Melanagromyza rosales
- Melanagromyza ruandae
- Melanagromyza ruelliae
- Melanagromyza rutshurensis
- Melanagromyza sagehenensis
- Melanagromyza sativae
- Melanagromyza scottburghensis
- Melanagromyza scrophulariae
- Melanagromyza seneciocaulis
- Melanagromyza senecionella
- Melanagromyza seneciophila
- Melanagromyza sensoriata
- Melanagromyza setifera
- Melanagromyza setifrous
- Melanagromyza setulana
- Melanagromyza shewelli
- Melanagromyza siciliensis
- Melanagromyza sojae
- Melanagromyza solanidis
- Melanagromyza specifica
- Melanagromyza spenceri
- Melanagromyza spenceriana
- Melanagromyza spilanthis
- Melanagromyza splendida
- Melanagromyza sporoboli
- Melanagromyza strictiva
- Melanagromyza stuckenbergi
- Melanagromyza submetallescens
- Melanagromyza surrufa
- Melanagromyza symphyti
- Melanagromyza tamsi
- Melanagromyza tarapacensis
- Melanagromyza tetrae
- Melanagromyza thunbergiae
- Melanagromyza tripolii
- Melanagromyza trispinella
- Melanagromyza trispinosa
- Melanagromyza ultima
- Melanagromyza urticella
- Melanagromyza urticivora
- Melanagromyza vasquezi
- Melanagromyza vectabilis
- Melanagromyza verbasci
- Melanagromyza verbenae
- Melanagromyza verbesinae
- Melanagromyza verdata
- Melanagromyza verdescens
- Melanagromyza vicunensis
- Melanagromyza vignalis
- Melanagromyza virens
- Melanagromyza viridis
- Melanagromyza viridissima
- Melanagromyza wedeliae
- Melanagromyza wedeliaphoeta
- Melanagromyza widelioe
- Melanagromyza wulfi