- Pyrenula acutalis
- Pyrenula acutispora
- Pyrenula adacta
- Pyrenula affinis
- Pyrenula aggregata
- Pyrenula albida
- Pyrenula albo-ostiolata
- Pyrenula albothallina
- Pyrenula andina
- Pyrenula anomala
- Pyrenula apayaoensis
- Pyrenula approximata
- Pyrenula areolata
- Pyrenula aspistea
- Pyrenula aspisteoides
- Pyrenula astroidea
- Pyrenula atrofuscescens
- Pyrenula atrolaminata
- Pyrenula aurantioinspersa
- Pyrenula aurantiopileata
- Pyrenula bonariensis
- Pyrenula breutelii
- Pyrenula brunnea
- Pyrenula camptospora
- Pyrenula caryae
- Pyrenula catalepta
- Pyrenula cerina
- Pyrenula chilensis
- Pyrenula chloropsila
- Pyrenula chungii
- Pyrenula ciliata
- Pyrenula cinereovelata
- Pyrenula cinerilla
- Pyrenula circumfiniens
- Pyrenula citriformis
- Pyrenula cocoes
- Pyrenula columellata
- Pyrenula comirana
- Pyrenula commixta
- Pyrenula concastroma
- Pyrenula concatervans
- Pyrenula confinis
- Pyrenula confoederata
- Pyrenula convexa
- Pyrenula corticata
- Pyrenula coryli
- Pyrenula costaricensis
- Pyrenula cruenta
- Pyrenula cruentata
- Pyrenula cryptothelia
- Pyrenula cubana
- Pyrenula cuprescens
- Pyrenula cuyabensis
- Pyrenula decumbens
- Pyrenula dermatodes
- Pyrenula duplicans
- Pyrenula dusenni
- Pyrenula emersa
- Pyrenula esenbeckiana
- Pyrenula eucalypta
- Pyrenula euphorbiae
- Pyrenula farrea
- Pyrenula ferax
- Pyrenula finitima
- Pyrenula flavofulvescens
- Pyrenula flavoinspersa
- Pyrenula fulvella
- Pyrenula fulvescens
- Pyrenula funkii
- Pyrenula fusco-olivacea
- Pyrenula fusispora
- Pyrenula gahavisukana
- Pyrenula gibberosa
- Pyrenula gigas
- Pyrenula globifera
- Pyrenula grossa
- Pyrenula guyanensis
- Pyrenula hallii
- Pyrenula harrisii
- Pyrenula herrei
- Pyrenula heteroclita
- Pyrenula hiascens
- Pyrenula hibernica
- Pyrenula hirsuta
- Pyrenula howeana
- Pyrenula infrastroidea
- Pyrenula irosina
- Pyrenula kermesiana
- Pyrenula kermesina
- Pyrenula knightiana
- Pyrenula kurzii
- Pyrenula laetior
- Pyrenula laevigata
- Pyrenula laii
- Pyrenula laureriformis
- Pyrenula leucostoma
- Pyrenula lineatostroma
- Pyrenula lucifera
- Pyrenula luteopruinosa
- Pyrenula macounii
- Pyrenula macrocarpa
- Pyrenula macrospora
- Pyrenula maculata
- Pyrenula mamillana
- Pyrenula mangiferae
- Pyrenula maravalensis
- Pyrenula marginatula
- Pyrenula maritima
- Pyrenula martinicana
- Pyrenula massariospora
- Pyrenula mastophora
- Pyrenula mastophoroides
- Pyrenula mastospora
- Pyrenula mattickiana
- Pyrenula media
- Pyrenula megapotamica
- Pyrenula micheneri
- Pyrenula microcarpa
- Pyrenula microciba
- Pyrenula micromma
- Pyrenula microtheca
- Pyrenula minae
- Pyrenula minarum
- Pyrenula minoides
- Pyrenula minor
- Pyrenula minutissima
- Pyrenula monospora
- Pyrenula montagnei
- Pyrenula montana
- Pyrenula montocensis
- Pyrenula nitida
- Pyrenula nitidella
- Pyrenula nitidula
- Pyrenula occidentalis
- Pyrenula ochraceoflava
- Pyrenula oculata
- Pyrenula oculifera
- Pyrenula oleosa
- Pyrenula oligocarpa
- Pyrenula pachyspora
- Pyrenula pallidofulvescens
- Pyrenula papillaefera
- Pyrenula papillifera
- Pyrenula papilligera
- Pyrenula parva
- Pyrenula parvinuclea
- Pyrenula peltophora
- Pyrenula perfecta
- Pyrenula philippina
- Pyrenula philippinia
- Pyrenula pinguis
- Pyrenula platysporella
- Pyrenula plicata
- Pyrenula plittii
- Pyrenula plumbea
- Pyrenula polillensis
- Pyrenula porinella
- Pyrenula porinoides
- Pyrenula prospersilla
- Pyrenula pseudobufonia
- Pyrenula pseudomassaria
- Pyrenula pseudonitida
- Pyrenula psoriformis
- Pyrenula pudica
- Pyrenula punctella
- Pyrenula pyrenastrospora
- Pyrenula pyrenuloides
- Pyrenula pyrgillospora
- Pyrenula pyrinoica
- Pyrenula quadruplans
- Pyrenula quassiaecola
- Pyrenula quercuum
- Pyrenula quinqueseptata
- Pyrenula ravenelii
- Pyrenula rizalensis
- Pyrenula rockii
- Pyrenula rubroanomala
- Pyrenula rubroinspersa
- Pyrenula rubrostoma
- Pyrenula samarana
- Pyrenula sanguinea
- Pyrenula santensis
- Pyrenula schiffneri
- Pyrenula schutschensis
- Pyrenula septicollaris
- Pyrenula sexlocularis
- Pyrenula shirabeicola
- Pyrenula stramineoatra
- Pyrenula subaperta
- Pyrenula subcongruens
- Pyrenula subcremea
- Pyrenula subdissidens
- Pyrenula subferruginea
- Pyrenula subglabrata
- Pyrenula subglabriuscula
- Pyrenula subgregantula
- Pyrenula sublateritia
- Pyrenula subpraelucida
- Pyrenula subsoluta
- Pyrenula tenuisepta
- Pyrenula tetraspora
- Pyrenula texans
- Pyrenula thelephora
- Pyrenula thelomorpha
- Pyrenula transparens
- Pyrenula triangularis
- Pyrenula tristissima
- Pyrenula trypanea
- Pyrenula tunicata
- Pyrenula umbonata
- Pyrenula vanoverberghii
- Pyrenula viridescens
- Pyrenula volvarioides
- Pyrenula warmingii
- Pyrenula wetmorei
- Pyrenula wheeleri
- Pyrenula wilmsiana
- Pyrenula zeylanica